この事業について

タンパク質立体構造のモデリング法(ホモロジーモデリング、タンパク質−タンパク質ドッキング、分子動力学シミュレーション等)は、近年、医薬品開発に重要な手法と考えられている。アミノ酸配列が類似するタンパク質の既知構造をテンプレートとして単一ドメイン構造を予測するなどの比較的単純なモデリングに対しては、すでに数多くのツールが一般公開されている。しかし、タンパク質間のドッキング(複合体構造予測)においては、たとえアミノ酸配列相同性が高い複合体構造が既に決定されている場合でも、正確な予測は非常に難しいと言われており、より高度なモデル構築および最適化ツールが必要である。本プロジェクトの最終目標は、高度で、かつ専門的な知識を有さないユーザーにとっても利用しやすいツールを提供することである。我々はこの目標達成のために、今後も継続して実験を行う研究者と共同し、ドッキングパイプラインの正確さおよび使いやすさの向上を図る。


ソフトウェア

 

 
モジュール 状態 ダウンロード
NMRシグナル帰属 作成中 パッケージ マニュアル
拘束条件生成 版1 パッケージ マニュアル
ドッキング 版1 パッケージ マニュアル
クラスタリング 版1 パッケージ マニュアル
フィルタリング 版1 パッケージ マニュアル
分子動力学計算 版1 パッケージ マニュアル
スコアリング(評価) 版1 パッケージ マニュアル
超分子拡張 作成中 パッケージ マニュアル
最適化 版1 パッケージ マニュアル
 
 
これらのソフトウェアに加えて、たんぱく質ドッキングパイプラインを開発中です。ベータ版がこちらのリンクよりご利用いただけます。
(このサイトは英語のみご利用可能です。)
 

メンバー

 



Daron M Standley
(主任研究者)
准教授
iFReC


加藤 和貴
(協力者)
准教授
iFReC


Liang Shide
(協力者)
助教
iFReC


小林 直宏
(協力者)
特任研究員
蛋白質研究所 (IPR)


Songling Li
博士研究員
iFReC


Joy Sarmiento
ソフトウェアエンジニア
iFReC


清水 朋子
(コーディネーター)
iFReC

お問い合わせ

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住所
〒565-0871大阪府吹田市山田丘3番1号
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電話・FAX
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